Ach, klacken und fieepen hatte ich auch ne ganze Weile, bis ich dann irgendwann eine SSD eingebaut hatte. Das fiepen ist eigentlich normal, leider bei einigen Platten lauter als bei anderen (so wie in deinem Fall).
Das Klacken ist auch nicht selten, aber bisher hab ich noch keine Fälle mit schlimmen Folgen erlebt. Dennoch wäre es ein Grund für einen Austausch der Platte.
Das 3-4 Sekunden Hängen kann aber auch ganz unabhängig davon sein. Ich hatte es unter Linux auch mal, wenn ich den Laptop aus dem Ruhezustand wieder aufgeweckt hab. Hatte irgendwas mit schlechtem RAM management und der swap Partition zu tun. Sprich, in deinem Fall könnte auch ein Fehler/Problem in der Auslagerungsdatei von Windwos liegen. Ich würde diese mal deaktivieren, und dann erneut aktivieren (wenns geht, vorher löschen). Vielleicht löst es das Problem ja.
Davon abgesehen können es auch andere Treiber oder Tools sein, die diese Hänger verursachen. Du sagst du hast Kaspersky...da gabs auch Probleme mit Win7 (war glaub ich versionsabhängig), welches zu genau solchen Hängern führte. Ich weiß nicht mehr genau welches es war, entweder "Selbstschutz" oder "proaktiver Schutz" musstest du deaktivieren, damits wieder flüssig lief. Einen Versuch ist es wert, da unkompliziert.
Außerdem würde ich auch eine Linux LiveCD runterladen und davon starten und laufen lassen. Sollte der Hänger dann nicht mehr auftauchen, kannst du davon ausgehen, dass der Hänger an der Software und nicht an deiner HDD liegt.